Eine relativ neue Hypothese besagt, dass Biokraftstoffe möglicherweise auch indirekt Landnutzungsänderungen verursachen. Demzufolge findet durch die weltweite Produktion von Biokraftstoffen eine Verdrängung der Nahrungs- und Futtermittelproduktion statt. Als Ersatz müssten bislang ungenutzte Flächen erschlossen werden. Biokraftstoffe würden andere Agrarprodukte zum Ausweichen auf neue Flächen zwingen und gelten somit als Verursacher dieser sogenannten indirekten Landnutzungsänderungen, kurz iLUC für „indirect Land Use Change“.
Bisher versuchten Wissenschaftler einen iLUC-Effekt mittels ökonometrischer Modelle zu identifizieren. Dabei bilden sie aktuelle Wirtschaftsbeziehungen sowie Gegebenheiten in der Agrarproduktion ab und projizieren sie auf die Zukunft. Die komplexen Berechnungsmodelle sind jedoch intransparent, nicht ausreichend belastbar und können in der Realität nicht nachvollzogen werden. Zudem weisen die Modelle im Vergleich beträchtliche Ergebnisunterschiede auf: So wurden in ersten Modellstudien sehr hohe Treibhausgas-Emissionen errechnet, während sich in neueren Modellstudien nur noch geringe bzw. keine Emissionen aus iLUC ergeben. Trotz gravierender Abweichungen in den Ergebnissen verschiedener wissenschaftlicher Studien sind die in den Untersuchungen angewandten Modelle bislang kaum auf Plausibilität überprüft worden. Damit sprechen rein wissenschaftliche Gründe dagegen, vermeintliche Auswirkungen von iLUC auf dieser Grundlage regulieren zu wollen.
Die Kommission hat eine Folgenabschätzung zu vier verschiedenen Handlungsoptionen angekündigt und wird gegebenenfalls Änderungen der geltenden Rechtsvorschriften vorschlagen:
Grundsätzliches Problem eines iLUC-Faktors ist, dass ein weltweiter Mittelwert gebildet wird und so deutsche Landwirte direkt für Regenwaldrodungen in Südostasien verantwortlich gemacht werden sollen. Der Anreiz zur Vermeidung von Landnutzungsänderungen in Risikoregionen kann daher nicht in Deutschland oder Europa geschaffen werden. Sinnvoller wäre es, einen potenziellen iLUC-Effekt regional und nicht global zu untersuchen. Damit können real stattfindende Landnutzungsänderungen besser abgebildet und direkt in die Treibhausgas-Bilanzierung einbezogen werden. Intransparente Modellberechnungen würden entfallen.
Die entscheidenden Kriterien für eine politische Regelung sollten Transparenz, Reproduzierbarkeit und Lenkungswirkung sein. Die Ergebnisse komplexer Kalkulationsmodelle sind zu schwankend und erfüllen diese Kriterien nicht. Sie sollten daher auch nicht die Grundlage politischer Maßnahmen sein. Ein globaler iLUC-Malus auf alle Biokraftstoffe würde außerdem keine Lenkungswirkung erzielen, um die Regenwaldrodung zu stoppen. An unerwünschten Praktiken der Landbewirtschaftung in Übersee würden diese Sanktionen nichts ändern. Der einzige Weg, um klimaschädliche Landnutzungsänderungen effektiv zu vermeiden, sind direkt wirkende Gesetze und staatliche Regelungen vor Ort, wie sie in der EU bereits gelten. Eine sinnvolle politische Regelung durch die EU wären beispielsweise bilaterale Abkommen mit Staaten, die Biokraftstoffe produzieren. Diese Abkommen würden Anforderungen an Landnutzung umfassen und die Einfuhr von Biokraftstoffen nur bei Erfüllung dieser Kriterien erlauben.