Die mit der Steuerbefreiung verbundenen Mindereinnahmen der Mineralölsteuer sowie die mangelhafte Markteinführung von Biokraftstoffen im Ottokraftstoffsektor waren ein Grund für die weitgehende Abkehr von der steuerlichen Förderung der Biokraftstoffe als Instrument zur Markteinführung. Mit dem Biokraftstoffquotengesetz ist als ordnungsrechtlicher Ansatz die Einführung von Biokraftstoffquoten sowohl im Otto- als auch im Dieselkraftstoff ab dem 1. Januar 2007 beschlossen worden. Zusätzlich ist eine darüber hinausgehende, von 6,25 % cal. in 2009 auf 8 % cal. in 2015 steigende Gesamtbiokraftstoffquote einzuhalten.

Das Biokraftstoffquotengesetz ist ein so genanntes Artikelgesetz, d.h. ein Gesetz, durch welches andere Fachgesetze geändert werden, und kein eigenständiges Fachgesetz.
In Artikel 1 des Biokraftstoffquotengesetzes werden die neuen Regelungen für die nur noch stark begrenzte Steuerentlastung von Biokraftstoffen (Steuerentlastung nur noch für besonders förderungswürdige Biokraftstoffe wie E 85 sowie sinkende Steuerentlastung von Biodiesel und Pflanzenöl) durch entsprechende Änderungen des Energiesteuergesetzes geregelt.
Durch die in Artikel 3 des Biokraftstoffquotengesetzes geregelte Ergänzung des  Bundesimmissionsschutzgesetzes um einen neuen Abschnitt 2 „Biokraftstoffe“ im dritten Teil des Gesetzes (§§ 37 a bis 37 d) werden heizwertbezogene Mindestanteile (Quoten) von Biokraftstoffen in der von dem jeweiligen Verpflichteten, d.h. einem Kraftstoffunternehmen, vertriebenen Gesamtkraftstoffmenge  festgesetzt. Wird von einem zur Quotenerfüllung verpflichteten Kraftstoffunternehmen nicht die festgesetzte Menge an Biokraftstoffen in den Verkehr gebracht, fällt eine Abgabe („Pönale“) für die Fehlmenge an.

Die Einzelheiten der Quotenerfüllung sind aus den nachstehenden Tabellen ersichtlich:

kraftstoffspezifische Quoten

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Werden die Quoten nicht erfüllt, fallen Abgaben von 60 Cent/l bei Diesel (19 € pro Gigajoule) und 90 Cent/l bei Benzin (43 € pro Gigajoule) an.

Gesamtquote

Ab 2009 gilt eine die spezifischen Mindestquoten für Benzin und Diesel übersteigende Gesamtquote für alle Kraftstoffe. Diese Gesamtquote steigt in jährlichen Schritten von 6,25 % calorisch (d.h. heizwertbezogen) auf 8 % calorisch in 2015.  Auf die Erfüllung der Gesamtquote werden die zur Erfüllung der spezifischen Quoten in Benzin und Diesel verwendeten Biokraftstoffmengen angerechnet. Die Einzelheiten sind in der nachstehenden Tabelle dargestellt:

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Offen ist, ob und in welchen Verhältnissen die Differenz zwischen Gesamtquote und den biokraftstoffspezifischen Quoten durch Bioethanol oder Biodiesel erfüllt werden wird. Dies wird sich im Wettbewerb entscheiden. In der obigen Tabelle sind in den untersten beiden Spalten die maximal möglichen Anteile bei alleiniger Erfüllung des Deltas durch je nur einen Biokraftstoff angegeben.

steuerliche Behandlung von Biokraftstoffen

Alle zur Erfüllung der Biokraftstoffquoten von den verpflichteten Kraftstoffunternehmen in den Verkehr gebrachten Biokraftstoffe unterliegen in vollem Umfang der Energiesteuer. Dies gilt nicht für als besonders förderungswürdig anerkannte Biokraftstoffe (BTL, Bioethanol aus Lignozellulose wie Stroh und E 85). In Form von E 85 – nicht zur Quotenerfüllung – verwendetes Bioethanol wird bis 2015 steuerlich entlastet. Die steuerliche Begünstigung von Biodiesel und Pflanzenöl sinkt von 399,40 €/1.000 l in 2007 auf 21,40 €/1.000 l ab 1. Januar 2012.

Durchführungsvorschriften

Die Einzelheiten der Durchführung der Quotenregelung und der steuerlichen Begünstigung werden in einer Durchführungsverordnung zum BImSchG (55 KB), in der Energiesteuer-Durchführungsverordnung sowie in Erlassen des Bundesfinanzministeriums (78 KB) geregelt.

Darin wird die Ermittlung der für die Erfüllung der Quotenverpflichtung notwendigen Biokraftstoffmenge spezifiziert. Die Kraftstoffunternehmen sind verpflichtet, Art und zugehörige Menge der von ihnen in Verkehr gebrachten Biokraftstoffe nachzuweisen. Diese Angaben werden von den zuständigen staatlichen Stellen durch Prüfung der Aufzeichnungen und Probenentnahme kontrolliert. In diesem Zusammenhang ist das Mineralöldatengesetz  von Bedeutung, welches u. a. die Durchführung von Kontrollen der Quotenerfüllung regelt.