Biokraftstoff-Quotengesetz 
Die insbesondere im Dieselsektor anfallenden – steigenden - Mineralölsteuerausfälle waren schließlich Ende 2005 ein wesentlicher Grund für die kurz zuvor neu gebildete große Koalition von CDU/CSU und  SPD, die deutsche Biokraftstoffpolitik neu zu ordnen. Mit der weitgehenden Ablösung der steuerlichen Förderung durch eine ordnungsrechtliche Festsetzung von Mindestanteilen von Biokraftstoffen in Kraftstoffen wurde mit dem Biokraftstoffquotengesetz von 2006 der deutsche Biokraftstoffsektor auf eine neue Basis gestellt. Steuerlich gefördert werden ab 2007 nur noch besonders förderungswürdige Biokraftstoffe wie Bioethanol in Form von E 85. Die steuerliche Begünstigung von Biodiesel und Pflanzenöl läuft mit Ausnahme der in der Landwirtschaft verwendeten Biokraftstoffe bis 2012 langsam aus. Wird von einem zur Quotenerfüllung verpflichteten Kraftstoffunternehmen nicht die festgesetzte Menge an Biokraftstoffen in den Verkehr gebracht, fällt eine Abgabe („Pönale“) für die Fehlmenge an. Diese belaufen sich auf 60 Cent/l bei Diesel (19 € pro Gigajoule) und 90 Cent/l bei Benzin (43 € pro Gigajoule).

Im Biokraftstoffquotengesetz wurde die Einführung von energetischen Biokraftstoffquoten sowohl im Otto- als auch im Dieselkraftstoff ab dem 1. Januar 2007 beschlossen. Im Bioethanolbereich stieg die Quote ursprünglich von 1,2% im Jahr 2007 auf 3,6% von 2010 bis 2015. Zusätzlich musste von der Mineralölindustrie ab 2009 eine darüber hinausgehende, von 6,25 % cal. auf 8 % cal. in 2015 steigende, Gesamtbiokraftstoffquote eingehalten werden.

Biokraftstoffquoten-Änderungsgesetz
Mit dem Biokraftstoffquotenänderungsgesetz wurde der gesetzliche Rahmen für die Biokraftstoffwirtschaft jedoch erneut geändert. Für das Jahr 2009 wurde die Gesamtquote von 6,25 auf 5,25 % gesenkt, danach wird sie bis 2014 auf einem Niveau von 6,25 % eingefroren. Die für den Bioethanolsektor wichtige Quote für den Ottokraftstoffbereich wird auf 2,8 % begrenzt.

Ab dem Jahr 2015 werden die energetischen Quoten auf Treibhausgasminderungsquoten umgestellt. Die Mineralölwirtschaft muss durch den Einsatz von Biokraftstoffen ab 2015 eine THG-Minderung der insgesamt in den Verkehr gebrachten Kraftstoffe von 3%, ab 2017 um 4,5% und ab 2020 um 7% erreichen.

Durch die Abkehr von quantitativen auf qualitative Quoten wird die Vorteilhaftigkeit von Biokraftstoffen bzgl. ihrer THG-Vermeidungsmöglichkeiten unterstrichen. Allerdings wird durch diesen Paradigmenwechsel die Erreichung des verpflichtenden EU-Mengenziels von 10% Biokraftstoffen im Jahr 2010 nicht sichergestellt. Je besser die THG-Bilanz der verwendeten Biokraftstoffe ist, desto geringer ist die zur Zielerreichung benötigte Menge - bei einer THG-Verbesserung um mehr als 70% kann das 10%-Ziel nicht erreicht werden.

Die deutsche Biokraftstoffwirtschaft hat deshalb in einem Memorandum vorgeschlagen, mit einer sog.  „Kombiquote“ aus Mengen- und THG-Zielen eine effiziente Verbindung des Klimaschutzes mit der Energiesicherheit durch Biokraftstoffe zu gewährleisten.

steuerliche Behandlung von Bioethanol
Alle zur Erfüllung der Biokraftstoffquoten von den verpflichteten Kraftstoffunternehmen in den Verkehr gebrachten Biokraftstoffe unterliegen in vollem Umfang der Energiesteuer. Dies gilt nicht für als besonders förderungswürdig anerkannte Biokraftstoffe (BTL, Bioethanol aus Lignozellulose wie Stroh und E 85). In Form von E 85 – nicht zur Quotenerfüllung – verwendetes Bioethanol wird bis 2015 steuerlich entlastet.

Durchführungsvorschriften
Die Einzelheiten der Durchführung der Quotenregelung und der steuerlichen Begünstigung werden in einer Durchführungsverordnung zum BImSchG (55 KB), in der Energiesteuer-Durchführungsverordnung sowie in Erlassen des Bundesfinanzministeriums (78 KB) geregelt.

Darin wird die Ermittlung der für die Erfüllung der Quotenverpflichtung notwendigen Biokraftstoffmenge spezifiziert. Die Kraftstoffunternehmen sind verpflichtet, Art und zugehörige Menge der von ihnen in Verkehr gebrachten Biokraftstoffe nachzuweisen. Diese Angaben werden von den zuständigen staatlichen Stellen durch Prüfung der Aufzeichnungen und Probenentnahme kontrolliert. In diesem Zusammenhang ist das Mineralöldatengesetz  von Bedeutung, welches u. a. die Durchführung von Kontrollen der Quotenerfüllung regelt.